CHÙA THUYỀN TÔN
Thuyền Tôn là ngôi cổ tự quan trọng không những đối với Phật giáo Thuận Hóa mà còn đối với cả Phật giáo Nam Hà. Nói quan trọng vì nó có bề dày lịch sử lâu dài và là ngôi Tổ đình rất lớn do một vị thiền tổ người Đại Việt đã khai sơn và khai sáng cả một hệ phái thiền rất lớn là phái Thiền Tử Dung – Liễu Quán. Cho nên trước khi nói đến lịch sử ngôi chùa, chúng tôi nghĩ cần có mấy hàng nói về núi Thiên Thai, nơi có ngôi chùa tọa lạc.
Núi Thiên Thai là ngọn núi cao nhất so với Kinh thành Huế xưa. Núi thuộc sơn phận xã Dương Xuân. Vào thế kỷ XVII – XVIII, vùng núi này thuộc sơn phận xã An Cựu, huyện Hương Trà, phủ Triệu Phong, xứ Thuận Hóa. Cũng vào thời đó, núi Thiên Thai là nơi “thâm sơn cùng cốc”, giang sơn của hùm, beo, tê, tượng và trăn rừng, sóc, khỉ. Con người, ít ai dám bén mảng đến. Sách Đại Nam nhất thống chí, quyển 2, “Phủ Thừa Thiên” đã viết: “Núi Thiên Thai ở phía tây bắc huyện Hương Thủy, hình thể cao vót, phía tây trông ra cánh đồng bằng, cạnh núi có chùa gọi là chùa Thiên Thai Nội, ngọn núi vòng quanh chầu ôm vào chùa, phong cảnh tuyệt đẹp.” Sách ấy còn có một đoạn nói về: “Núi Kim Long ở phía tây bắc huyện Hương Thủy, chân núi có chùa Thiên Thai Ngoại.” Về danh từ Thiên Thai Nội và Thiên Thai Ngoại, ta phải nhờ sách Đại Nam nhất thống chí, bản đời Tự Đức, để biết rõ hơn. Trong sách ấy, ở mục “Chùa, quán” có viết về chùa Thiên Thai như sau:
“Chùa Thiên Thai Nội ở xã Dương Xuân có tên nữa là chùa Thiền Tông, tương truyền chùa do Liễu Quán Hòa thượng dựng, dựa vào núi, trông ra đồng bằng, phong cảnh cũng đẹp. Gần đấy có chùa Thiên Thai Ngoại, tương truyền do một người đàn bà là Nguyễn Ngọc Duệ dựng sửa chữa lại…” Như thế là rất rõ ràng: ngôi chùa hiện nay ta thường gọi là chùa Thuyền Tôn đã có thời được gọi là chùa Thiên Thai Nội và là chùa do Liễu Quán Hòa thượng khai sơn dựng nên.
Ngài Liễu Quán đã khai sơn Thiên Thai Thiền Tông tự từ lúc nào? Hiện nay không có một tư liệu nào truyền lại chắc chắn để cho ta xác quyết là chùa được khai sơn vào lúc nào. Sách Hàm Long sơn chí do Điềm Tịnh cư sĩ soạn và Như Như đạo nhân tục biên vào đời Thành Thái có cho rằng chùa được khai kiến vào đời Hiếu Minh hoàng đế (chúa Nguyễn Phúc Chu) năm thứ 3, Quý Dậu (1693). Nhưng xét ra năm này, ngài Liễu Quán không có mặt ở Thuận Đô. Theo văn bia ở tháp ngài, chúng ta thấy rất rõ sự kiện này. Đoạn văn bia viết: “Chí Tân Mùi niên, tứ nhiễm phủ tuế, quy hương chúc tân cung phụ. Nhẫm nhiễm tứ tải, phụ tức tạ thế. Ất Hợi tái chỉ Thuận Đô…” Xét ra năm Tân Mùi này là năm 1691 và năm Ất Hợi là năm 1695, năm Thạch Liêm Hòa thượng đến Thuận Hóa. Năm Quý Dậu (1693) ở giữa thời đoạn 1691 – 1695, lúc này ngài Liễu Quán đang bận phụng dưỡng cha già ở Phú Yên, làm sao khai kiến thảo am Thuyền Tôn ở Thuận Hóa cho được? Cho nên thuyết của Hàm Long sơn chí hầu như chưa vững vì sử tính của nó chưa được bảo đảm. Một giả thuyết của Pháp sư Mật Thể ở chùa Trúc Lâm đã nêu lên trong sách Việt Nam Phật giáo sử lược cách đây hơn nửa thế kỷ, được nhiều người cho là khả dụng. Thuyết ấy cho rằng, lúc đầu ngài Liễu Quán chỉ khai sơn một thảo am nhỏ để vừa ẩn tu, vào khoảng năm Vĩnh Thịnh thứ 4 đời Lê Dụ Tông (1708), sau khi ngài ra Long Sơn cầu Hòa thượng Minh Hoằng Tử Dung ấn chứng, nhưng chưa được.
Dung hợp cả hai thuyết trên, chúng tôi có thể nêu giả thuyết tương đối rằng thảo am Thuyền Tôn có mặt tại núi Thiên Thai – Thuận Hóa trong khoảng từ năm 1693 cho đến năm 1708, nhưng không biết đích xác năm nào.
Theo hai trong bốn loại tư liệu đá, gỗ, giấy và truyền khẩu dân gian, thì bia tháp ngài ở phía nam núi Thiên Thai, và từ cổ tích truyền khẩu vùng Tứ Tây hiện nay để tìm hiểu sơ kỳ về thảo am Thiên Thai, chúng ta được biết rằng: vào mùa xuân năm Mậu Tý (1708), ngài Liễu Quán từ Phú Yên trở lại Long Sơn, trình sự liễu ngộ của mình lên Hòa thượng Tử Dung, nhưng ngài vẫn chưa được Hòa thượng ấn khả. Mãi đến mùa hạ năm Nhâm Thìn (1712) thì ngài mới được Sơ tổ Minh Hoằng Tử Dung trao tâm ấn — “Hòa thượng khán hoàn đại duyệt. Thâm hứa ấn khả” — sau khi ngài trình kệ “Dục Phật”. Trước thời gian này, ngài đã khai sơn chùa Viên Thông ở chân núi Ngự Bình. Và rất có thể khi ra Long Sơn chưa được ấn khả, lại để tránh những phiền hà do các chúa Nguyễn thường làm bận ngài, có phần không thuận lợi cho việc tu học, nên ngài đã vào sâu tận núi Thiên Thai để lập thảo am, tham thiền về công án của Sơ tổ Minh Hoằng Tử Dung đã trao. Như thế, giả thuyết của ngài Mật Thể có thể tạm chấp nhận là đúng một phần nào chăng?
Trong dân gian ở vùng Tứ Tây hiện nay còn truyền câu chuyện cổ tích rằng: khi ở thảo am, ngài Liễu Quán đã không đem theo một đệ tử hay một thị giả nào cả. Một mình ngài thường xuống vớt rong dưới con suối chảy ngang trước chùa để làm đồ ăn hằng ngày, không có cơm hoặc thức ăn gì khác. Một vị chúa Nguyễn đi săn, ghé vào thảo am, thấy ngài giấu những mớ rong dưới bàn, mới phát giác được chuyện ngài ăn rong trừ cơm và truyền ra ngoài dân gian.
Tuy truyền thuyết dân gian nói rằng sơ kỳ thảo am Thiên Thai chỉ có một mình ngài Liễu Quán ở tại đó và ăn rong để tham thiền, nhưng căn cứ theo câu văn bia đá ở tháp ngài, do nhà sư Thiện Kế soạn vào năm Cảnh Hưng thứ 9 (1748), thì chính vào năm 1708 này, ngài đã bắt đầu thuyết pháp và thu nhận đệ tử. Câu văn bia viết: “Tứ thập tam truyền y, thuyết pháp lợi sinh, tam thập tứ tải, tự pháp tứ thập cửu nhân”. Như vậy, ngài đã thuyết pháp độ nhân trong 34 năm. Lấy năm mất là năm Nhâm Tuất (1742) mà trừ đi 34 năm thì lúc khởi sự thuyết pháp và nhận đồ đệ của ngài vẫn là năm 1708 (1742 – 34 = 1708). Nếu theo văn bia này, thì ngay khi được ấn khả, ngài đã mở đạo tràng tại thảo am Thiên Thai này rồi. Và nếu thế, thì phải chăng chùa Thuyền Tôn đã khởi sự có mặt ở núi Thiên Thai rất sớm, chứ không phải chỉ là một thảo am sơ sài nữa?
Lại nữa, theo văn bia, thì sau khi đắc pháp, ngài vào Phú Yên để hóa đạo, đi lại về, mãi cho đến mười năm sau, tức là vào năm Nhâm Dần (1722), ngài trở lại Thuận Hóa và ở luôn tại chùa Thuyền Tôn, mà lúc này đã trở thành Tổ đình. Văn bia viết: “Nhâm Dần niên sư lai Thuận Đô trú Tổ đình”. Câu văn này lại cho ta thêm một cứ liệu rằng chùa Thuyền Tôn có mặt rất sớm ở núi Thiên Thai, và dù là nơi núi cao rừng thẳm, nhưng Tổ Liễu Quán đã khởi sự vân tập được đông đảo đồ chúng đến tham học vào thời hừng đông của sơn phái Thiền Lâm Tế của Tử Dung – Liễu Quán, đã khởi sự nảy mầm để phát triển rực rỡ ngay sau thời kỳ ngài đắc đạo.
Từ đó, chúng tôi có thể nêu được giả thuyết sau đây: Chùa Thuyền Tôn tại núi Thiên Thai xứ Thuận Hóa đã được chính Tổ Liễu Quán khai sơn, chứ không phải một ngôi thảo am; dù có thảo am thì cũng chỉ một thời gian rất ngắn, trong ba, bốn năm, thảo am đã biến thành chùa. Cũng chính dưới thời ngài tại thế, chùa Thuyền Tôn đã tức khắc trở thành một đạo tràng lớn, có hàng vạn đồ đệ tới lui cầu học, trong đó có hạng tể quan ở phủ chúa Nguyễn, có hạng môn nhân xuất thân từ các đẳng cấp trong xã hội, có hạng nhà nho cư sĩ tuy ở nhà nhưng vẫn thường lui tới đạo tràng Thuyền Tôn để nghe Tổ thuyết pháp. Tại Tổ đình Thuyền Tôn, trong ba năm Quý Sửu (1733), Giáp Dần (1734) và Ất Mão (1735), Tổ đã mở ba đại giới đàn, người được truyền giới có hàng vạn. Năm Canh Thân (1740) lại mở Đại giới đàn Long Hoa, giới đàn này có thể mở tại Kinh thành. Sau đó, ngài về ở luôn tại Tổ đình. Cho đến mùa xuân năm Nhâm Tuất (1742) — năm Cảnh Hưng thứ 3, triều Lê Hiển Tông, chúa Hiếu Võ Vương năm thứ 5 (chúa Nguyễn Phúc Khoát) — ngài mở một giới đàn tại chùa Viên Thông, nơi ngài đã khai sơn trước chùa Thuyền Tôn, và mùa thu năm đó ngài thị tịch. Ngài Tế Hiệp Hải Điện, đệ tử đắc pháp trực tiếp của Tổ, kế thế trụ trì chùa Thuyền Tôn. Đệ tử đắc pháp của ngài có 49 vị đều mang chữ “Tế” ở trước, theo bài kệ truyền thừa của ngài để lại, có 48 chữ biểu thị cho 48 thế hệ (mặc dầu hàng vạn người thọ giới với ngài cũng được mang pháp danh có chữ “Tế” ở trước).
Trước giờ quy Tây, Tổ Liễu Quán có để lại bài kệ thị tịch bốn câu, nhưng lời nói tối hậu của ngài dặn lại đệ tử là: “Nguy nguy, đường đường, vĩ vĩ, hoàng hoàng. Tích nhật giá cá lai? Kim triêu giá cá khứ? Yếu vấn lai khứ sự nhược hà? Trạm trạm bích thiên thu nguyệt hạo, đại thiên sa giới lộ toàn thân. Ngô khứ hậu, nhữ đẳng đương tư vô thường tấn tốc, cần học Bát nhã, vô hốt ngô ngôn, các nghi miễn chi’’ …
Trước khi nói tiếp về lịch sử ngôi Tổ đình Thuyền Tôn mà đọc đúng biển hiệu chùa phải gồm đủ năm chữ: “Thiên Thai thiền tông tự”, chúng tôi xin nói về ngôi tháp Tổ trước. Sau khi Tổ quy Tây, môn nhân “Khải” về phủ chúa, được chúa Nguyễn Phúc Khoát ban “Sắc tứ bi ký tưởng sư Đạo Hạnh thụy Chánh Giác Viên Ngộ hòa thượng”. Năm sau (1743) ngài nhập tháp, về sau các môn đồ lại xin một vị sư Trung Hoa soạn cho một bài văn bia để khắc vào đá hiện còn lưu giữ ở bên trong vách thành phía đông của tháp ngài. Vị sư này là Thiện Kế ở chùa Tang Liên Ôn Lăng, tỉnh Phúc Kiển. Bia được khắc vào tháng Tám năm Cảnh Hưng thứ 9 (1748). Tháp ngài Liễu Quán là một ngôi tháp Phật giáo lớn nhất xứ Huế. Tháp dựng ở một triền núi phía đông nam chùa, có thành quách bằng đá ong rất lớn. Tháp dựng từ năm thứ 4 đời vua Cảnh Hưng nhà Hậu Lê (1743), đến năm Gia Long thứ 14 triều nhà Nguyễn (1815), các môn đồ đã trùng tu tháp và có dựng bia đá đề ngày lành tháng Tám năm Gia Long thứ 14.
Năm ấy lại có vị đại thần là Chưởng cơ thuộc nội khâm sai Chánh quản Đồ gia, tước là Cẩn Thận hầu, tên là Hoàng Văn Cẩn (hay Duyên?), pháp danh là Tánh Giác cùng hai bà vợ là Lê Thị Cách, pháp danh Tánh Thông và Đặng Thị Phú, pháp danh Tánh Trực xuất của tiền tiến cúng để trùng tu đại tháp và dựng bia kỷ niệm.
Ngay trước cổng làm kiểu long tán để vào tháp Tổ có câu: “Đàm hoa lạc khứ hữu dư hương” (Hoa đàm dẫu rụng vẫn vương hương). Hai bên có hai vế của một câu đôi:
Bảo đạt trường minh bất đoạn môn tiền lưu lục thủy;
Pháp thân độc lộ uy nhiên tọa lý khán thanh sơn.
Sau thời gian Tổ Liễu Quán quy Tây độ ba năm và gần đúng thời gian với việc khắc văn bia thì ngôi Tổ đình cũng được trùng tu lần thứ nhất. Việc trùng tu do ngài Tế Hiệp Hải Điện, đệ tử đắc pháp trực tiếp của Tổ và đang trụ trì tại Tổ đình lúc đó đứng ra khởi công. Có Chưởng Thái giám Mai Văn Hoan, pháp danh Tế Ý hỗ trợ. Cuộc đại trùng tu này nhằm năm Cảnh Hưng thứ 7 – 8 (1746 – 1747), ngôi chùa được mở rộng, khang trang to lớn. Cũng trong dịp này, môn đồ và Phật tử do Đoàn Tài hầu Mai Văn Hoan làm Hội chủ đã hợp lực chú tạo một đại hồng chung nặng 855 cân. Lạc khoản ở chuông đề năm Cảnh Hưng thứ 8 (1747). Lại có một biển hiệu chùa có bảy chữ “Sắc tứ Thiên Thai Thiền tông tự” với nhiều mô típ rồng, mây rất mỹ thuật cũng được tạo dựng trong dịp này. Năm Cảnh Hưng thứ 12 (1751), chùa được cấp tự điền. Năm Cảnh Hưng thứ 24 đến 26 (1763 – 1765), chùa dâng tờ khải lên chúa Nguyễn xin cấp bằng khoán tự điền; nhưng mãi đến năm Hiếu Định hoàng đế (chúa Nguyễn Phúc Thuần) thứ 9 (1772), chúa mới duyệt cấp bằng …
Ngài Tế Nhơn Hữu Bùi và ngài Tế Ân Lưu Quang đều là những đệ tử đắc pháp của Tổ Liễu Quán đã từ Tổ đình Thuyền Tôn ra trụ trì và lĩnh trách nhiệm trùng hưng chùa Báo Quốc trong thời kỳ này. Năm Hiếu Định thứ 11 (1774), Tổ Tế Hiệp Hải Điện viên tịch, truyền chức Trụ trì Tổ đình lại cho ngài Tế Mẫn Tổ Huân… Năm Hiếu Định thứ 13 (1776), ngài Tế Mẫn có tu bổ chùa bằng cách lợp mái. Cũng từ Tổ đình Thuyền Tôn, các ngài có chữ “Tế” đã tỏa ra đi vân du hóa đạo khắp Nam Hà. Trừ các ngài Tế Hiệp Hải Điện, Tế Mẫn Tổ Huấn, Tế Hiển Trạm Quang ở lại Tổ đình Thuyền Tôn, người ta thấy có ngài Tế Phổ Viên Trì ra trùng hưng chùa Viên Thông, ngài Tế Nhơn Hữu Bùi và ngài Tế Ân Lưu Quang ra trùng hưng và trụ trì chùa Báo Quốc, ngài Tế Ngữ Chính Dõng ra trùng hưng chùa Từ Lâm, ngài Tế Vĩ ra khai sơn chùa Đông Thuyền… Hầu hết các chùa ở Huế hiện nay; chùa Cổ Lâm, chùa Bảo Tịnh ở Phú Yên; chùa Long Thọ ở Thủ Dầu Một; chùa Đức Lâm ở Gia Định; chùa Linh Sơn ở Bà Đen – Tây Ninh; chùa Phi Lai ở Châu Đốc đều có thể hệ truyền thừa theo bài kệ Thiệt tế đại đạo; Tánh hải thanh trừng của Tổ Liễu Quán, làm cho sơn phái thiền ở núi Thiên Thai long thịnh rực rỡ mãi cho đến tận ngày nay.
Năm Hiếu Định Vương thứ 14 (1777), Tổ Tế Mẫn tịch, truyền chức Trụ trì lại cho ngài Đại Huệ Chiếu Nhiên. Trong thời gian trụ trì, ngài Đại Huệ Chiếu Nhiên đã trùng hưng Tổ đình lần thứ hai. Năm 1786, Tây Sơn chiếm Kinh thành Thuận Hóa. Tổ đình Thuyền Tôn lâm vào tình trạng đổ phế. Đại hồng chung bị tịch thu đem để ở chỗ khác. Hòa thượng Đại Huệ Chiếu Nhiên phải ẩn tu và giấu xa các pháp khí, chỉ còn lại “tự điền”; về sau các pháp khí mai một dần. Mãi đến năm 1789 lệnh cấm được bãi bỏ, Hòa thượng nhóm họp tăng chúng, giáo pháp bắt đầu ổn định và phật sự ở Tổ đình Thuyền Tôn khởi sự phục hưng. Bốn năm sau, vào tháng Năm năm Quý Sửu (1793), có đại thí chủ là bà Đốc Hữu phát nguyện kiến thiết một ngôi nhà tranh để làm nơi hội họp cho thiện tín, từ đó tín đồ càng ngày càng đông. Vào năm Kỷ Mùi (1799), Hoàng đệ Thái Tổ vừa được 26 tuổi, đã phát nguyện rộng lớn trùng tu chùa và chẩn thí. Công việc được ủy cho Đại Tư mã, trùng tu tự vũ trang nghiêm rực rỡ. Đến tháng Năm năm Tân Dậu (1801), vua Gia Long triều Nguyễn nhất thống đất nước. Năm Gia Long thứ 1, Nhâm Tuất (1802), ngài Đại Huệ Chiếu Nhiên viên tịch, truyền chức Trụ trì Tổ đình lại cho đệ tử là ngài Đạo Tâm Trung Hậu. Đến năm Gia Long thứ 2 (1803), Tổ đình lại được ngài Đạo Tâm Trung Hậu trùng tu. Lần trùng kiến này, có tín nữ Lê Thị Tạ, pháp danh là Tiên Quý, ngoại hộ,… đã có công quả với Tổ đình Thuyền Tôn của Tổ Liễu Quán rất lớn. Trong lần trùng kiến này, nhà chùa có làm biểu xin đại hồng chung về để phụng tự (tháng Ba năm 1803). Khi được phép thỉnh Đại Hồng Chung về trở lại Tổ đình, toàn thể tăng chúng và tín đồ đã vân tập tại Tổ đình làm lễ đàn tràng khai u minh trong hai mươi mốt ngày để cầu phước. Đến tháng Tám cùng năm đó, nhà chùa làm biểu xin lại Tam bảo điền thổ cộng hơn 70 mẫu tại hai huyện Phú Vang và Hương Trà. Lần trùng tu này chùa được làm sườn gỗ lợp ngói, sinh hoạt phật sự ở Tổ đình được phục hưng và phát triển rực rỡ, bổn chúng đông đảo, là một thời huy hoàng tráng lệ của Tổ đình Thuyền Tôn nói riêng và Phật giáo Thuận Hóa nói chung.
Đặc biệt là vào tháng Tám năm Gia Long thứ 6, Đinh Mão (1807), có hai vị công chúa cùng rất nhiều vị trong triều đình và trong hoàng gia triều Gia Long đã đồng tâm phát nguyện xây ngôi phương trượng; để vào năm Gia Long thứ 8, Kỷ Tỵ (1809), hai vị công chúa ấy lại cùng bổn đạo đồng tâm hiệp lực làm lại chính điện và tiền đường. Lúc này tòa phạm vũ trở nên nguy nga tráng lệ… Các ngài có hàng chữ “Đạo” thì lúc này hầu như có mặt trên hầu hết các tỉnh từ Huế trở vào Nam; hoặc khai sơn, hoặc trùng hưng, trùng tu các chùa cổ, làm cho sơn phái Thiền Liễu Quán đã phát triển rất mạnh và Tổ đình Thuyền Tôn trở thành một Tổ đình quan trọng của Phật giáo Nam Hà. Tăng chúng trong chùa theo tinh thần thiền của Thiền sư Bách Trượng rất mạnh. “Nhất nhật bất tác, nhất nhật bất thực”, cho nên vào năm Minh Mệnh thứ 1 (1820), chùa xin nộp tô thuế riêng. Đến năm Minh Mệnh thứ 15 (1834), ngài Đạo Tâm Trung Hậu viên tịch, truyền chức Trụ trì tại Tổ đình lại cho ngài Tánh Thiện An Cư. Trong 28 năm trụ trì ở Tổ đình, ngài Tánh Thiện An Cư đã có một lần xin trưng lại các ruộng đã bị lấy đất làm ngói ở xã Triều Sơn; ngoài ra không có sự trùng tu chùa, hay sự mở mang gì khác. Việc trưng đất ấy nhằm năm Tự Đức thứ 6 (1853). Đến năm Tự Đức thứ 15 (1862), ngài Tánh Thiện viên tịch, ngài Hải Nhuận tự Phước Thiêm được kế thế trụ trì ở Tổ đình. Bốn năm sau, niên hiệu Đồng Khánh thứ 1 (1886), ngài cho sửa chữa chùa. Nhưng thời gian ngài Hải Nhuận trụ trì, vào khoảng cuối đời ngài, chùa Thuyền Tôn đi vào tình trạng đổ phế. Mặc dù năm Thành Thái thứ 7 (1895), ngài được sung chức Tăng cang chùa Diệu Đế; nhưng đến năm Thành Thái thứ 10 (1898), ngài bị bệnh xin hồi hưu, giao phó Tổ đình cho các đệ tử như Quảng Kế trông coi. Trong giai đoạn ngắn ngủi này, tự điền, tự khí đều bị tiêu tán dần hết.
Cho nên sau năm Thành Thái thứ 11 (1899), chư quan sơn tự phải họp và đồng ủy cử ngài Tâm Thiền, đệ tử thứ bảy của ngài Diệu Giác lên làm Trụ trì chùa Thuyền Tôn. Lúc này, dân xã Triều Sơn muốn xin ruộng Tam Bảo tại làng đã bị sung công. Ngài Tâm Thiền không biết làm thế nào, nên đem sự việc trình lên chư tôn túc. Ngài Tâm Truyền đang sung chức Tăng cang chùa Diệu Đế, pháp huynh ngài Tâm Thiền, ủy thác công việc cho ba tín nữ là Hồ Thị Diệu Thiện, Hồng Thị Tú, Trần Thị Đình đem công sức và tiền bạc lo xin hủy bỏ sự việc trên; khi hoàn tất công việc tông cộng tốn khoảng bốn trăm (400) đồng bạc.
Vào tháng Tám năm 1899, Hòa thượng Tâm Thiền, có sự trợ lực của chư vị tôn túc ở chùa Báo Quốc, chùa Tường Vân, chùa Từ Hiểu và chùa Khánh Phương, lại cùng với sự tín cúng của đàn việt, đã mở cuộc trùng tu Tổ đình. Ngài di kiến phạm vũ trở lại nền cũ, làm thêm hậu điện. Công việc trùng tu kéo dài đến tháng Năm năm 1900 (Thành Thái thứ 12) thì hoàn tất và làm lễ khánh thành.
Từ sau lần trùng tu hơn 40 năm, Tổ đình được trùng tu lần sau cùng vào năm Bảo Đại thứ 15 (1940). Sau khi Hòa thượng Giác Nhiên từ Thánh Duyên quốc tự về kể vị trụ trì ở Tổ đình được 11 năm, ngài đã khởi công trùng tu Đại Tổ đình Thuyền Tôn thành một ngôi chùa nguy nga tráng lệ được sơn môn tăng già Thừa Thiên cùng môn phái hỗ trợ; lại để tránh nạn mối mọt, Hòa thượng Giác Nhiên đã không làm lại chùa bằng sườn gỗ nữa, mà thay vào bằng xi măng cốt thép chắc chắn, to cao hơn xưa. Tuy qua lần trùng tu này nhà hậu không còn, làm cho kiến trúc truyền thống theo hình chữ “Khẩu” bị phá hỏng, nhưng ngôi Tổ đình vẫn giữ được vẻ uy nghi trang trọng.
Hiện nay, chùa Thuyền Tôn có kiến trúc rất lộng lẫy. Lên nhiều bậc tầng cấp cao, qua cổng có bốn trụ lớn, mỗi trụ đều có một vế câu đối bằng chữ Hán. Đi vào sân chùa rộng, có cây bồ đề tỏa bóng mát cả một vùng lớn. Chính giữa sân trước cổng có tượng Quan Thế Âm bằng xi măng trắng rất lớn, đứng uy nghi trên tòa sen. Đại điện làm kiểu nhà trùng thiềm, nóc có hai con rồng uốn lượn, mặt chầu vào một mặt rồng chính diện đội Pháp luân. Đông liêu là nơi thiết trí phương trượng của cố Tăng thống Giác Nhiên, tây liêu là trú xứ và nơi tiếp khách hành hương của vị giám tự. Hậu tổ có thờ 12 long vị, ra sau thì phía đông có nhà khách và nhà ăn, thiền trù; phía tây có tăng xá. Giữa sân là bồn hoa cây cảnh. Ngôi tháp của Hòa thượng cố Tăng thống Giác Nhiên uy nghi cổ kính, tọa lạc trên ngọn đồi tròn ở phía đông chùa, tăng phần uy nghiêm cho cảnh Tổ đình Thuyền Tôn.
